Vladimir Verteletskij, högt uppsatt inom Rysslands försvarsdepartement, är misstänkt för maktmissbruk.
Tidigare under torsdagen rapporterade ryska statliga medier att den högt uppsatte ryske generalen Vadim Sjamarin gripits för korruptionsanklagelser.
Sjamarin, näst högst upp i Rysslands försvarsstab, ska enligt medierapporterna ha tagit emot omfattande mutor och riskerar därmed upp till 15 år i fängelse.
För en månad sedan greps en av Rysslands många biträdande försvarsministrar, Timur Ivanov, misstänkt för mutbrott.
Även generallöjtnant Jurij Kuznetsov och general Ivan Popov har gripits – båda anklagade för mutbrott. Den senare sparkades från sin roll som befälhavare i fjol, sedan han offentligt uppmärksammat det höga antalet döda och skadade ryska soldater i Ukraina.
Makthögkvarteret Kreml vänder sig mot rapporter om en "kampanj" mot högt uppsatta militärer.
Kampen mot korruption är en löpande insats. Det är ingen kampanj, säger talespersonen Dmitrij Peskov till reportrar.
Gripandena sker samtidigt som Rysslands försvarsminister Sergej Sjojgu överraskande bytts ut mot ekonomen Andrej Belousov.
President Putin har även bytt ut en av landets många biträdande försvarsministrar. Oleg Saveljev, även han ekonom, blev ny minister när Juri Sadovenko fick lämna posten.
