Efter tre timmars debatt röstade kammaren på onsdagskvällen ned de två åtalspunkterna mot Alejandro Mayorkas.
Han anklagades dels för att inte ha följt USA:s migrationslagstiftning i ett läge där rekordmånga migranter kommit till gränsen och dels för att ha gett vilseledande uttalanden om säkerhetsläget vid gränsen.
Republikanerna har länge krävt skärpt gränssäkerhet och tuffare tag mot olaglig invandring och tog därmed den ovanliga åtgärden att ställa Mayorkas inför riksrätt. Han hävdades "medvetet och systematiskt" ha underlåtit att hålla gränsen mot Mexiko säker.
Republikanerna i representanthuset röstade redan i februari för att ställa ministern inför riksrätt, även om det krävdes två omröstningar för att få igenom förslaget.
I senaten hade det krävts två tredjedels majoritet för att avsätta Mayorkas, men kammaren, där demokraterna har majoritet, röstade enligt partilinjerna.
Vita huset meddelar genom talespersonen Ian Sams att man välkomnar beslutet och att "president Biden och minister Mayorkas kommer fortsätta att göra sitt jobb för att hålla US säkert och genomföra reella åtgärder vid gränsen".
Formella anklagelser i form av riksrätt hade fram till i år inte riktats mot en sittande minister på nästan 150 år. Demokratpolitiker har beskrivit riksrättsförfarandet som ett jippo iscensatt av republikaner som följer Donald Trump.
Ex-presidenten är den ende i USA som ställts inför riksrätt två gånger och den ende president som ställts inför riksrätt efter det att han lämnat Vita huset.
