Eva Nyström stod för Hammarbys avgörande mål efter 84 minuter.
Första halvlek blev mållös, men direkt efter pausen slog Clara Markstedt till och gav Vittsjö ledningen.
Med en knapp halvtimme kvar att spela nätade Emilia Larsson och kvitterade för Hammarby.
Och med sex minuter kvar att spela kom det matchavgörande målet genom Eva Nyström. Därmed hade Hammarby vänt matchen. 1-2-målet blev matchens sista.
Vittsjö har fyra vinster och en förlust på de senaste fem matcherna, medan Hammarby har tre vinster och två oavgjorda. Det här var Hammarbys sjätte uddamålsseger.
Det här var sista matchen och resultatet betyder att Vittsjö slutar på sjätte plats, och Hammarby på femte plats.