Agon Sadiku blev matchhjälte med sitt avgörande 2-1-mål efter 85 minuter.
Första halvlek blev mållös, men direkt efter pausen slog Aatu Kujanpaa till framspelad av Jusif Ali och gav HIFK ledningen.
I 66:e minuten nätade Aldayr Hernandez, framspelad av Niilo Saarikivi och kvitterade för FC Honka.
Och med fem minuter kvar att spela kom det matchavgörande målet genom Agon Sadiku på pass av Rui Manuel Muati Modesto. Därmed hade laget vänt matchen. 1-2-målet blev matchens sista.
HIFK har två oavgjorda tre förluster på de senaste fem matcherna, medan FC Honka har tre vinster, en oavgjord och en förlust. Det här var HIFK:s fjärde uddamålsförlust den här säsongen. Det var även FC Honkas tredje uddamålsseger.
I tabellen innebär det här att FC Honka nu ligger på tredje plats. HIFK är på tolfte och sista plats.
Lördag 18 juni möter HIFK VPS hemma 17.00 och FC Honka möter KuPS hemma 15.00.