Hemmalagets alla tre mål gjordes av Amalie Jørgensen Vangsgaard, medan Vilde Hasund gjorde gästernas mål.
För Linköping gör resultatet att laget nu ligger på första plats i tabellen, medan Hammarby är på 13:e plats.
I nästa match möter Hammarby Umeå hemma på söndag 24 april 15.00.