Segermålet för Ilves stod Petteri Pennanen för efter 90 minuter.
Därmed har Ilves fyra raka segrar på hemmaplan.
Ilves fick en bra start på matchen. Petteri Pennanen gjorde målet, redan i åttonde minuten.
FC Lahti kvitterade till 1-1 efter en knapp halvtimmes spel, genom Matti Klinga. Det dröjde till den 72:a minuten innan Tuomas Ollila gav Ilves ledningen framspelad av Doni Arifi.
Kvitteringen kom i 90:e minuten, när Macoumba Kandji gjorde mål för FC Lahti.
Det matchavgörande målet för Ilves kom direkt därefter när Petteri Pennanen i 90:e minuten på nytt gjorde mål. 3-2-målet blev matchens sista.
Ilves har två segrar, två oavgjorda och en förlust på de senaste fem matcherna, medan FC Lahti har två oavgjorda och tre förluster. Det här var Ilves tredje uddamålsseger den här säsongen. Förlusten var också FC Lahtis tredje uddamålsförlust.
Ilves stannar därmed på sjätte plats, och FC Lahti på tionde plats, i tabellen.
På onsdag 22 juni 18.00 spelar Ilves hemma mot HIFK, och FC Lahti borta mot Inter Turku.