Segern var HJK:s fjärde på de senaste fem matcherna.
Första halvlek blev mållös, men direkt efter pausen slog Juho Pirttijoki till och gav FC Lahti ledningen.
I 51:a minuten nätade Bojan Radulovic, och kvitterade för HJK.
Laget tog ledningen bara sex minuter senare genom Perparim Hetemaj.
Med sex minuter kvar att spela kvitterade FC Lahti genom Teemu Penninkangas.
Det matchavgörande målet kom med en minut kvar att spela, när Fabian Serrarens gjorde 3-2 för HJK. 3-2-målet blev matchens sista.
HJK har fyra segrar och en oavgjord på de senaste fem matcherna, medan FC Lahti har en vinst, en oavgjord och tre förluster. Det här var HJK:s sjätte uddamålsseger den här säsongen. Förlusten var också FC Lahtis andra uddamålsförlust.
Resultatet innebär att HJK ligger kvar på andra plats och FC Lahti på åttonde plats i tabellen.
Söndag 22 maj möter HJK Haka hemma 18.30 och FC Lahti möter AC Oulu hemma 16.00.