Första halvlek blev mållös, men direkt efter pausen slog Marika Bergman-Lundin till och gav BK Häcken ledningen.
I 53:e minuten slog Andrine Stolsmo Hegerberg till, och gjorde 0-2.
Reduceringen till 1-2 kom i 90:e minuten, när Matilda Vinberg gjorde mål för Hammarby. Fler mål än så blev det inte för Hammarby.
Hammarby har fyra vinster och en förlust på de senaste fem matcherna, medan BK Häcken har två vinster, en oavgjord och två förluster.
Resultatet innebär att Hammarby ligger kvar på sjunde plats och BK Häcken på fjärde plats i tabellen.
I nästa match möter Hammarby Eskilstuna United borta på söndag 14 augusti 16.00.