Atom blev matchhjälte med sitt avgörande 1-0-mål efter 79 minuter.
HJK har nu en fin svit med tre matcher i rad utan att ha släppt in mål.
Det här var HJK:s tredje uddamålsseger den här säsongen.
VPS har fyra poäng och HJK har nio poäng efter tre omgångar.
VPS tar sig an Ilves i nästa match borta lördag 23 april 17.00. HJK möter samma dag 15.00 Inter Turku hemma.